In ESIS kunnen gegevens geregistreerd worden rondom diagnoses en handicaps.
Op de pagina Zorg van de leerlinggegevens kunnen de artsen van een leerling geregistreerd worden, samen met het medicijngebruik van een leerling voor zover dat relevant is voor de school. Daarbij kan ook een diagnose geregistreerd worden op basis waarvan dat medicijngebruik noodzakelijk is.
Bij de inschrijving van de leerling kan aangegeven worden welke handicaps en eventuele nevenhandicaps een leerling heeft.
ESIS-B gebruikers kunnen de gegevens van een diagnose ook registreren als registratie in het leerlingdossier en er op die manier meer informatie over vastleggen.